Мартин Харничек е роден на 27 март 1952 г. в Прага в театрално семейство – баща му, Мирослав, е секретар в театър „ABC“, а майка му пътува като актриса с трупи из страната. След като завършва основното си образование, той се насочва към здравеопазването и работи в психиатричната болница в Бохнице. През 1970 г. завършва медицинско средно образование и започва работа като санитар и медицински работник в Прага. Още от младостта си обаче изпитва силна антипатия към комунистическия режим – част от семейството му е било депортирано в концентрационни лагери, с което потисническият режим се превръща в постоянно и ужасяващо присъствие в ежедневието му.

Разказва, че е израснал сред „два големи абсолютистки ужаса – нацистите и комунистите“ – като по-късно комунизмът се превръща във „враг номер едно“ за него. През 70-те години Харничек участва в редица антикомунистически дейности и подписва „Харта 77“ – жест, който го превръща официално в дисидент. Режимът го поставя под наблюдение, арестува го за няколко дни, разпитват го нощем, заплашват го с отнемане на гражданство, дори му оказват физическа принуда.

Харничек успява да избегне политическото преследване, като в един момент даже се опитва да симулира сериозно бъбречно заболяване. В досието му го описват като „социален паразит“, защото няколко месеца остава без работа – нещо, което в тогавашната система води до затвор или изселване. Спомня си, че по време на един от разпитите полицаят му казва: „Книгата ти е страшна мръсотия! Поредната метафора – нищо друго!“ Именно тази реакция подсказва на Харничек, че е написал нещо значимо, което атакува режима.

През 1983 г. напуска страната и емигрира в Западна Германия – в град Хаар край Мюнхен – заедно с жена си и кучето си. Там бързо получава статут на политически бежанец и започва отново работа в психиатрията, като по-късно става геронтопсихотерапевт. Установява се стабилно, в добри условия, с периодично пътуване между Оберланд Бавария и родината Чехия. Споделя: „Не изпитвам мъка по изгнаничеството, но половината от времето живея там, половината – тук. Хората са почти едни и същи от двете страни на границата.“

Литературният му път започва в нелегалния самиздат: пише и разпространява разкази като Strýček (1975), Sedmá rezervace (1982), Já, bratři и O Albínovi. По-късно, подканен от художника и приятел Крал Тринкевиц, който му предлага да напише нещо „експлозивно“, в рамките на един месец Харничек създава Maso („Месо“) – един от най-потресаващите и дълбоко алегорични антиутопични текстове в чешката литература. В него хората живеят в свят, където няма нищо друго за ядене, освен човешка плът – и обществото е устроено около огромна месарница, охранявана от полиция, където най-малката грешка води до незабавно унищожение на индивида. Разказът е под формата на монолог: богат, плътен, почти административен наратив, а героят – напълно дехуманизиран.

Харничек споделя, че за да пресъздаде лудостта на този свят „трябваше да вляза в кожата на героя, въпреки че изобщо не се идентифицирах с него.“ Беноа Мьоние, който работи по превода на предстоящото издание на френски език, описва стила на Харничек като „кристално ясен, което го прави и още по-ужасяващ“. Творбата съчетава абсурдизъм и политическа сатира с дистопия,  но в нея има и нещо универсално – не е просто алегория на комунистическия режим, а е и предупреждение към съвременното капиталистическо общество: днешният човек все повече е просто „месо“ – потребим, консумируем, враг на себе си, но и на другите. Както споделя авторът, желанието му не е било да пише пророчески текст, „но всички пътища ме отведоха в тази посока“.

След този творчески изблик следва двайсеттгодишна пауза – по думите на Харничек той просто не е имал времето, нуждата или желанието да пише. Няколко идеи минали през ума му, но го мързяло да ги развие. След падането на режима приятелката му – известна писателка – го моли да напише книга за живота под диктатурата. Така се появява Sametový geroj (2002), роман, който разглежда живота на бивш доносник, когото реалността на постсоциалистическа Чехия заставя да се изправи срещу миналите си действия. По неговите думи, той го е написал „без сърце“ – и читателите го усещат. Не е голям почитател на съвременната литература, харесва само „една-две книги“ – и не се интересува от днешната чешка проза. Библиотеката му е пълна с непрочетени книги на различни езици, но не чувства желание да ги поглежда скоро.

Мартин Харничек е създал мрачни, абсурдни, но дълбоки произведения, които съчетават естетическите търсения на Бъроуз с политическата острота на „Доброжелателните“, но си остават уникални – символ на индивид, посмял да се противопостави на системата чрез словото.